Spesies endemik di kepulauan ini ada 239 tumbuhan, 16 burung, dan 39 amfibi/reptil yang telah diketahui sampai tahun 1998. Kebanyakan dari spesies itu (234, 12, dan 33 secara berurutan) ada di pulau utama.[1] Spesies endemik yang paling dikenal dan menjadi simbol kebanggaan orang Puerto Riko adalah Coquí, katak kecil yang mudah diidentifikasi dari suaranya, yang juga menjadi asal dari namanya. Kebanyakan spesies coquí (13 dari 17) ada di Hutan Nasional El Yunque, sebuah hutan tropis di bagian timur laut pulau yang sebelumnya dikenal sebagai Hutan Nasional Karibia. El Yunque menjadi tempat tinggal dari lebih dari 240 tumbuhan, 26 diantaranya endemik di pulau itu. Hutan itu juga menjadi tempat tinggal 50 spesies burung, termasuk salah satu dari 10 burung paling mendekati kepunahan di dunia, yaitu Amazon Puerto Riko. Di sebelah tenggara pulau, dataran seluas 10.000 acres (40 km²), Hutan Kering Guánica berisi 600 spesies tumbuhan dan binatang langka, termasuk 48 spesies hampir punah dan 16 yang endemik di Puerto Riko.